首先要有董事会或股东会决议注销分公司，根据这个决议由纳税评估人员制作《纳税评估报告》,这个是税务局内部文书,纳税人看不到的,经分管领导签字后就可以办理注销手续,强调一下,是要查账的,但不是清算分公司的所得,而是稽核分公司相关的税费有没有交足,有无违章未处理,有无拖欠税款,分公司不是法人机构，是不需要出具清算报告的。
分公司注销登记应提交的文件、证件如下：
第一《企业注销登记申请书》；
第二《指定（委托）书》；
第三依照《公司法》作出的决议或决定或行政机关责令关闭的文件或法院的破产裁定；
第四股东会或有关机关确认的清算报告；
第五三次注销公告报样（第一次公告之日起90日后，方受理您的注销申请）；
第六税务部门出具的完税证明；
第七《企业法人营业执照》正、副本。
法律依据：
《公司法》
第十四条分公司与子公司
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
第一百八十条公司解散原因
公司因下列原因解散：（一）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；（二）股东会或者股东大会决议解散；（三）因公司合并或者分立需要解散；（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；（五）人民法院依照本法第一百八十二条的规定予以解散。
第一百八十三条
公司因本法第一百八十一条第(一)项、第(二)项、第(四)项、第(五)项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。