只要合同内容合法，出于双方当事人的真实意思表示，就是有法律效力的，双方当事人会受到协议的约束。保密协议同样如此。
根据《劳动合同法》第二十三条、第二十四条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除劳动合同或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
保密协议可以分为单方保密协议和双方保密协议。保密协议只要合同内容合法，出于双方当事人的真实意思表示，就是有法律效力的，双方当事人会受到协议的约束。
法律依据：
《中华人民共和国民法总则》第一百四十三条
民事法律行为应当具备下列条件：
(1)行为人具有相应的民事行为能力;
(2)意思表示真实;
(3)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。