工程进度款是指在施工过程中，按逐月或其他标准完成的工程数量计算的各项费用总和，那么应该怎样管理工程进度款呢？
首先，要提高监理工程师的素质。
监理工程师要有高度的责任心，严格地按照有关法律、法规公正地进行监理，杜绝一切不正之风。同时，国家有关部门应加强对监理单位的资质审查和日常管理，加大处罚力度;监理单位也要加强对现场监理工程师的监督和管理，坚决撤换不称职的监理人员。
其次，施工企业应加强对工程项目的管理。
施工企业在加强对工程管理人员管理的同时还应将所有在建工程建立工程台账，每个工程每月根据仓库和工地实际使用材料，按照与建设单位签定合同时商定的材料价格和计价方式作出中间结算，对照工程合同，及时了解工程的实际进度，以便向业主催收工程进度款。
然后，政府有关部门严格国家有关法律程序办事，加强对建设工程的管理。
对建设资金不到位的工程不予办理开工，使那些有不良居心的发展商无机可乘。
最后，加强对工程合同的管理，及时调解和化解矛盾。
工程合同一经签署，就具有法律效力，双方就受合同的约束，应该自觉遵守。当双方由于对合同条文的不同理解而产生争执时，为了保证双方的利益，双方和有关主管部门应及时调解，化解矛盾，以利于工程的顺利进行。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》
第十三条，工程进度款结算与支付应当符合下列规定：
（一）工程进度款结算方式
1、按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
2、分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。
（二）工程量计算
1、承包人应当按照合同约定的方法和时间，向发包人提交已完工程量的报告。发包人接到报告后14天内核实已完工程量，并在核实前1天通知承包人，承包人应提供条件并派人参加核实，承包人收到通知后不参加核实，以发包人核实的工程量作为工程价款支付的依据。发包人不按约定时间通知承包人，致使承包人未能参加核实，核实结果无效。
2、发包人收到承包人报告后14天内未核实完工程量，从第15天起，承包人报告的工程量即视为被确认，作为工程价款支付的依据，双方合同另有约定的，按合同执行。
3、对承包人超出设计图纸（含设计变更）范围和因承包人原因造成返工的工程量，发包人不予计量。
（三）工程进度款支付
1、根据确定的工程计量结果，承包人向发包人提出支付工程进度款申请，14天内，发包人应按不低于工程价款的60%，不高于工程价款的90%向承包人支付工程进度款。按约定时间发包人应扣回的预付款，与工程进度款同期结算抵扣。
2、发包人超过约定的支付时间不支付工程进度款，承包人应及时向发包人发出要求付款的通知，发包人收到承包人通知后仍不能按要求付款，可与承包人协商签订延期付款协议，经承包人同意后可延期支付，协议应明确延期支付的时间和从工程计量结果确认后第15天起计算应付款的利息（利率按同期银行贷款利率计）。
3、发包人不按合同约定支付工程进度款，双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包人可停止施工，由发包人承担违约责任。