如何处理著作权和商标权的冲突

《商标法》第九条规定，申请注册的商标，应当有显著特征，便于识别，并不得与他人在先取得的合法权利相冲突。此处的合法权利包含了著作权。
《商标法》第三十一条规定，申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。此处的在先权利包括著作权。
同时，《著作权法》第二十二条规定了十二种可以不经著作权人许可的使用情况，而商标的专有权具有独占性，其他人要使用是必须经商标权人许可的。
相对于商标权，著作权具有在先性。如果著作权人认为商标权人的注册商标是从其作品直接或间接而来，并未经其许可，著作权人就可以要求商标权人停止使用该商标。因此，如果通过侵犯他人合法的在先权利包括著作权取得商标注册，商标主管机关应撤销该注册商标。