起诉离婚两个孩子怎样分配

1、根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条的规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
2、根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释(一)第四十四条的规定，母亲有下列情形之一，父亲请求直接抚养的，人民法院应予支持：
(一)患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活;
(二)有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活;
(三)因其他原因，子女确不宜随母亲生活。