分居三个月起诉离婚孩子抚养权归谁

1、分居三个月起诉离婚孩子的抚养权原则上先由双方协商，协商不成的，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。一般情况下，两周岁以内的孩子由母亲抚养，有特殊情况的除外。
2、根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
3、离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。