1、两者的构成要件不同。事实婚姻要求男女双方必须以夫妻名义共同生活，为周围群众所熟知，双方结合符合法定的婚姻实质要件，与结婚登记不同的是仅在于缺乏形式要件。而非法同居并没有一定要以夫妻的名义生活。
2、两者的法律后果不同。一旦被认定为事实婚姻的，具体处理时视同具有法律效力的婚姻，与合法登记缔结的婚姻同等对待。同居关系不受法律保护，同居期间男女双方的财产亦不能视为夫妻共同财产予以分割，同居关系依法应予以解除。
3、两者的财产关系不同。事实婚姻，男女双方共同生活期间所得财产视为夫妻共同财产。同居期间所得财产，除非有相关证据证明，否则，各自名下财产归各自所有。
4、两者的身份关系不同。事实婚姻，男女双方视同夫妻关系，所生子女视为婚生子女。同居的男女双方为非法的，双方不具有夫妻的身份关系，所生子女为非婚生子女。
要指出的是，在孩子的权利和抚养问题上，两者是没什么区别的，即婚生子与非婚生子在法律地位上完全平等。
法律依据:
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释(一)第七条 未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。
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