股权转让纠纷，公司能作为被告，但是也是分几种情况的。
(一)股权转让双方之间的纠纷
涉及到转让双方之间的股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失或支付违约金，或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效等等。这类纠纷主要适用合同法的有关规定进行处理，应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，应列公司为第三人。
(二)涉及其他股东优先购买权的诉讼纠纷
这类纠纷需要结合公司法与合同法相关规定进行处理，应列出让股权的股东为被告，公司为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加为第三人。
(三)股权善意取得引发的纠纷案件
此类纠纷多产生于其他股东对于股权转让存在异议，一般是其他股东作为原告，而善意取得第三人与公司为被告。
(四)股权转让纠纷中涉及公司决议的纠纷案件
股权转让纠纷中涉及公司决议无效或撤销，当事人起诉请求确认股东会或者股东大会、董事会决议无效或者请求撤销上述决议的，应当列公司为被告，对决议涉及的相对利害关系人，可以列为共同被告或者第三人。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。 股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。 经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。 公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。