所谓港澳通行证，俗称双程证，是由公安部国家移民管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
根据我国《出入境管理法》规定，对以下几种现行犯的情形是不能批准办理该证件的：
1、被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的;
2、有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的;
3、因妨害国(边)境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的。
由此可见，在审批办理该证件时，由于需要了解申请办证人是否存在上述禁止情形，显然需要查阅申请人的犯罪记录。
因此，办理港澳通行证需要查阅案底，但只有几种情形会依法不予批准，而不是所有的案底对办证都会有影响。
法律依据：
《中华人民共和国出境入境管理法》第十条
中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。
《中华人民共和国出境入境管理法》第十二条
中国公民有下列情形之一的，不准出境：
(一)未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的;
(二)被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的;
(三)有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的;
(四)因妨害国(边)境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的;
(五)可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的;
(六)法律、行政法规规定不准出境的其他情形。