有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权，《股权转让协议书》系双方当事人的真实意思表示，符合自愿、公平的原则，且没有违反法律和行政法规的强制性规定以及公司章程的规定，公司股东对此亦表示一致同意，该协议自签订之日起成立并生效。此外，虽然股东转让出资要进行股东变更登记，但对于股权转让协议，法律并无必须登记才生效的规定，且股东变更登记是对股东变更的公示方式，未办理登记只是使得该股权转让行为原则上对公司以外不产生法律效力，而并不影响股权转让协议本身的效力，该协议对股权转让各方仍具有法律效力。
所以股权转让协议和工商登记不符并不影响两者的效力。若工商管理机关不予办理变更登记手续可以有以下几个处理办法：
(一)受让股东可以向人民法院提起诉讼，要求确认股权转让协议有效，并强制转让，由工商管理机关依据生效判决变更股权登记。
(二)受让股东也可依据股权转让协议及其他变更文件，提起行政诉讼，起诉工商管理机关履行变更登记的职责。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。 经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。 公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。