子公司在一定程度上受母公司的支配与控制，但在法律上，子公司是独立的法人。子公司的独立性主要表现在：拥有独立的名称和公司章程;具有独立的组织机构;拥有独立的财产，能够自负盈亏，独立核算;以自己的名义进行各类民事经济活动;独立承担公司行为所带来的一切后果与责任。
子公司和母公司是相互独立的法人。如果有业务往来就需要开发票，两个公司都要缴税。总公司和分公司就不同，如果承包单位仍使用分公司的名称对外经营，则分公司的生产经营所得由总公司统一汇总缴纳企业所得税。分公司虽然单独核算，但其资产、负债、收入、成本、费用、净资产仍然属于总公司的一部分。分公司不应当向总公司上缴固定收益，应该是分公司向承包单位支付收益。承包单位取得的承包费，应到地税机关开具服务业发票。作为承包单位的收入由承包单位缴纳营业税和企业所得税。分公司支付承包费，属于分公司的成本费用，在计算应缴税所得额时允许扣除。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。