不可以作废。但在补充合同中可以约定当补充合同生效时，原合同的部分内容无效、作废;或者是因为原合同履行时当事人存在违约行为，导致原合同的部分内容无效，那么在补充协议中，双方当事人要协商一致撰写清楚违约行为导致内容无效的部分。
补充合同是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充合同条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充合同为准，但原合同明示不得变更的条款，补充合同中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
那么补充合同存在的前提就是原合同已经生效，但可能原合同在拟订时内容约定不明确，或者存在漏洞，所以进行补充而达成协议。如果原合同作废，那么补充合同可能也会跟着无效。如果原合同作废，重新立的合同是新合同，而不是补充合同。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第六十一条
【合同约定不明的补救】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。