税务部门的主要职责为管理国家税收，股权变更涉及到个人所得或者企业所得，从而影响国家的税收收入，因此股权变更税务部门会核查股权变更价格是否合理，是否有正当理由，是否进行了正常的纳税申报和登记。
依照法律规定有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。公司变更登记事项，应当向原公司登记机关申请变更登记。未经变更登记，公司不得擅自改变登记事项。
因此，股权变更都有相应的变更登记，税务部门会根据变更情况核查变更价格的合理性。
法律依据：
《中华人民共和国公司登记管理条例》第三十四条
有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。