《人民法院司法鉴定工作暂行规定》明确规定司法鉴定，是指在诉讼过程中，为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。司法鉴定的目的就是为了查明案件事实，如果案件事实清楚就不应当进行司法鉴定。换言之，如果双方对工程造价已经达成一致意见，就不应当启动司法鉴定程序。同时，如果当事人已经对结算达成一致意见，即使对客观的事实存在差异，也属于当事人对自己的权利处分，法律不应予以干涉。在退一步讲，如果当事人认为不应当以已经达成的结算书作为结算依据，也应当先以结算协议存在可撤销之情形向依法人民法院申请撤销。
因此，只要工程结算协议不存在法定无效或可撤销的情形，通常情况下，乙方申请重新造价鉴定的，法院不予支持。
法律依据：
《人民法院司法鉴定工作暂行规定》第二条
本规定所称司法鉴定，是指在诉讼过程中，为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。