《人民法院司法鉴定工作暂行规定》明确规定司法鉴定，是指在诉讼过程中，为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。司法鉴定的目的就是为了查明案件事实，如果案件事实清楚就不应当进行司法鉴定。换言之，如果双方对工程造价已经达成一致意见，就不应当启动司法鉴定程序。同时，如果当事人已经对结算达成一致意见，即使对客观的事实存在差异，也属于当事人对自己的权利处分，法律不应予以干涉。在退一步讲，如果当事人认为不应当以已经达成的结算书作为结算依据，也应当先以结算协议存在可撤销之情形向依法人民法院申请撤销。
因此，只要工程结算协议不存在法定无效或可撤销的情形，通常情况下，乙方申请重新造价鉴定的，法院不予支持。
法律依据：
《人民法院司法鉴定工作暂行规定》第二条
本规定所称司法鉴定，是指在诉讼过程中，为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动。
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司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动，司法鉴定可以由当事人委托或者由司法机关委托完成。
被鉴定人应由母-子-可疑父亲或父母-子组成，只要求父子或母子二人鉴定者一般要求说明鉴定理由;成年被鉴定人均应自愿同意鉴定，14岁以上的青少年应适当征求其对鉴定的意见等。
申请司法鉴定流程：第一步委托，司法鉴定机构接受司法鉴定委托；第二步受理，司法鉴定机构对委托事项进行审核，并作出是否受理的决定；第三步初次鉴定；第四步、司法鉴定文书的出具；第五步、出庭。
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