顾名思义，补充协议应当是主合同一部分。如果补充协议里面的主体发生变化，根据合同的相对应，那么权利义务的主体发生变化了，就是新的协议了。新的协议也许有法律效力，但是与原来的合同就没有关系了。
合同变更除法律规定的变更和人民法院依法变更外，主要是当事人协议变更。当事人变更合同的合意本身就是合同，因此，合同变更适用合同法关于要约和承诺的规定。
双方经过协商取得一致，变更合同一般应当采用书面形式，以便查考，特别是原来的合同为书面形式的，更应当采用书面形式，不然用口头形式改变书面合同无凭无据，极易发生纠纷。如果对合同的变更约定不明确，或者变更采用口头形式，发生纠纷后又无其他证据证明合同变更内容的，视为合同没有变更。当事人变更的内容约定不明确的，视为未变更。
如果原来的合同是经过公证、鉴证的，变更后的合同应报原公证、鉴证机关备案，如果按照法律、行政法规的规定原来的合同是经过有关部门批准、登记的，合同变更后仍应报原批准机关批准、登记，未经批准、登记的，变更不生效，仍应按原合同执行。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第六十一条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
《中华人民共和国民法通则》第五十七条
民事法律行为从成立时起具有法律约束力。行为人非依法律规定或者取得对方同意，不得擅自变更或者解除。