工程质量案件涉及诉讼时效应注意的操作问题主要有：
1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效三年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或者阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
3、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于2年的保修年限后3年;
工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于5年的保修年限后3年;
工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：
农村的砖木结构为不少于设计年限30年后3年;
城市的砖和混凝土结构为不少于设计年限50年后3年;
城市的钢筋混凝土结构为不少于设计年限70年后3年;
城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后3年。
法律依据:
《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十三条 因房屋质量问题严重影响正常居住使用，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。

交付使用的房屋存在质量问题，在保修期内，出卖人应当承担修复责任；出卖人拒绝修复或者在合理期限内拖延修复的，买受人可以自行或者委托他人修复。修复费用及修复期间造成的其他损失由出卖人承担。