工程完工结算，应当按照双方在工程合同中的约定进行。如果没有约定，就参照财政部发布的《建设工程价款结算暂行办法》进行。该结算暂行办法主要针对的内容是：
1.黑白合同造成工程价款结算争议。
2.工程竣工结算久拖不结、多头审查或一审再审。
3.工程款拖欠严重，据调查，已竣工未结算占全部竣工工程拖欠工程款的30%左右。
工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
工程竣工结算方式有：工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。
发包人收到承包人递交的竣工结算报告及完整的结算资料后，应按本办法规定的期限，进行核实(合同有约定的，从其约定)，给予确认或者提出修改意见。发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款，保留3%左右的质量保证(保修)金，待工程交付使用一年质保期到期后清算(合同另有约定的，从其约定)，质保期内如有返修，发生费用应在质量保证金内扣除。
法律依据:
财政部、建设部关于印发《建设工程价款结算暂行办法》的通知第十四条
工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
(一)工程竣工结算方式
工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算(四)工程竣工价款结算
发包人收到承包人递交的竣工结算报告及完整的结算资料后，应按本办法规定的期限(合同约定有期限的，从其约定)进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款，保留5%左右的质量保证(保修)金，待工程交付使用一年质保期到期后清算(合同另有约定的，从其约定)，质保期内如有返修，发生费用应在质量保证(保修)金内扣除。