工程结算纠纷的处理，应遵循两个原则，一是“尊重合意”原则，一是“实事求是”原则。
在工程造价结算中，应当基于以上两个原则，解决不同的结算争议。结合司法解释和相关审判实践，一般的处理规则如下：
1、双方已结算认定造价后一方反悔的，不予支持。
2、双方如约定以第三方的审价结果为准的，一方对第三方审定的价格有异议的，不应当支持，除非证明第三方在审价过程中存在违法行为。双方如委托第三方审价但未就审价结果的效力作出约定的，可由双方对审价结果进行质证确定。
3、双方约定了结算标准和依据的，法院应当按照该标准和依据组织双方结算或委托造价鉴定。
4、双方未对结算问题作出约定的，事后又未达成关于结算的补充协议的，可由法院委托进行司法鉴定。
5、对于发包方故意拖延，不在约定的期限内结算的，根据《司法解释》的规定，可以以承包方的送审价为准，并且，欠款自法定的时间开始计算利息。
法律依据:
依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等法律法规，进行工程款结算：

　　１、该解释第二条规定，当建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。因此，当黑白合同都被认定为无效的，施工方已完工的建设工程经验收质量合格的，可以参照实际履行的合同约定支付工程价款。

　　２、根据该解释第三条规定，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

　　（１）修复后建筑工程验收合格的，发包人应该参照黑合同支付工程款，但可以要求施工方承担修复费用。

　　（２）修复后建筑工程验收依然不合格的，发包人可以不支付工程款。需要注意的是，建筑工程验收不合格造成发包人损失的，施工方应承担相应的赔偿责任，但发包人有过错的，也要承担相应的责任，同时减轻施工方的责任。