其主要隐患有以下两点：
1、对传真属于原件还是复印件争论不一。一部分人认为传真件属于复印件，其无法真实再现原件经过修补所造成的瑕疵，因而属于复印件。另一部分人则认为，当事人之间通过传真对书面合同的条款进行确认，与在同一张合同纸张上签字确认并无实质区别。因此，用传真订立合同，若合同正常履行则没有问题；若当事人之间发生纠纷，就传真件到底是原件还是复印件就难以确定，影响审判结果。
2、传真件缺乏证据效力。通常而言，只有同时具备真实性、合法性和关联性的证据才有证据效力。因此，法院在认定传真件的证据效力时，通常考虑诸多因素：传真件是否是传真方所发出，接收方是否收到了传真；当事人之间传真往来过程是怎样的；当事人订立合同过程中是通过什么方式商谈的；是否有其相关证据佐证用于补强合同传真件证据。
法律依据:
《中华人民共和国合同法》
第三十九条 采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。
格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
《消费者权益保护法》
第二十六条 经营者不得以格式合同、通知、声明、店堂告示等方式做出对消费者不公平、不合理的规定，或者减轻免除其损害消费者合同权益应当承担的民事责任。