企业的商业秘密被侵犯时，应视不同情况，通过不同的途径解决纠纷，常见的方法有以下几种：
1.协商解决。双方当事人可以进行调解、和解，要求停止侵权、恢复名誉并做适当赔偿。
企业应当注意到，如果采取行政、刑事、民事诉讼等法律途径解决纠纷，都可能会造成商业秘密进一步扩散，所以协商解决是解决企业商业秘密被侵犯问题的首要方案。
2.行政投诉。经营者侵犯他人商业秘密的，可以由监督检查部门责令停止违法行为，处十万元以上五十万元以下的罚款;情节严重的，处五十万元以上三百万元以下的罚款。
3.民事诉讼。
商业秘密权利人在证据充分的情况下可以直接向人民法院起诉。
4、向公安局举报。侵害商业秘密情节严重的，可能构成侵害商业秘密罪，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
法律依据：
《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条 经营者不得实施下列侵犯商业秘密的行为：
(一)以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密;
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密;
(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。
第三人明知或者应知商业秘密权利人的员工、前员工或者其他单位、个人实施前款所列违法行为，仍获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，视为侵犯商业秘密。
本法所称的商业秘密，是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息和经营信息。