保密协议和竞业限制协议有如下区别：
(1)保密义务一般是法律直接规定或劳动合同的随附义务，不管用人单位与劳动者是否签订保密协议，劳动者均有义务保守商业秘密。而竞业限制是基于用人单位与劳动者的约定产生，没有约定的，无须承担竞业限制义务。
(2)保密义务要求保密者不得泄露商业秘密，侧重的不能“说”，竞业限制义务要求劳动者不能到竞争单位任职或自营竞争业务，侧重的是不能“做”。
(3)保密义务劳动者承担的义务仅限于保密，并不限制劳动者的就业权，而竞业限制义务不仅仅限制劳动者泄密，还限制劳动者的就业，劳动者的负担重很多。
(4)保密义务一般期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在，而竞业限制期限较短，最长不超过二年。
法律依据:
《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条