工程合同属于普通的民事合同，按照民法总则188条的规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，法律另有规定的除外”。工程纠纷诉讼时效应该是三年。诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起算”。按照上述规定，诉讼时效应从承包方权利受到侵害之日起计算。
法律依据:
《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条
我国劳动法第七十九条规定：“劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。”该法第八十三条还规定：“劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。一方当事人在法定期限内不起诉又不履行仲裁裁决的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。”
以上规定说明，仲裁程序是劳动争议案件的前置程序，未经仲裁，案件不能进入诉讼程序。审判实践中，笔者发现劳动争议案件在适用民事诉讼法规定的反诉程序时不合适，原因是：第一，一方不服仲裁起诉后，另一方提出反诉，反诉的请求如未经过仲裁裁决，那么双方的争议是未经仲裁就进入诉讼程序，违反了上述“前置程序”的规定。第二，一方不服仲裁起诉后，另一方提起反诉的内容如经过了仲裁，那么上述劳动法第八十三条规定的“不服仲裁裁决，可向人民法院提起诉讼”就又形同虚设，没有意义了。
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