股权代持协议有法律效力，只要不违反法律的强制性规定。可能影响股权代持协议法律效力的主要是《合同法》第五十二条中提到的“以合法形式掩盖非法目的”。
股权代持协议的主要目的是通过该协议实现隐名股东的投资目的。法律或行政法规可能禁止或限制隐名股东实施投资行为或投资于特定行业。如果隐名股东属于被禁止或限制实施投资行为的人，或者其拟投资的企业所在的行业属于法律或行政法规禁止或限制投资的特定行业，则股权代持协议可能被认定为具有非法目的。此时，尽管股权代持协议本身并不为法律或行政法规所禁止，但却可能因为其目的的非法性而被认定为属于“以合法形式掩盖非法目的”的行为，从而被认定为无效法律行为。
股权代持协议是具有法律效力的，但是也会有一些风险。有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东。
法律依据：
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定(三)》第二十四条
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。
实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。