《出生医学证明》因遗失、被盗等丧失原始凭证的情况要求补发的，取得原签发单位有关出生医学记录证明材料后，向所在县(区)级以上卫生行政部门申请补发。县(区)级以上卫生行政部门接到申请后，经核实，情况属实的给予补发《出生医学证明》并加盖出生医学证明专用章。
补办材料：
(一)未报户口前遗失《出生医学证明》者，补发《出生医学证明》正副页;
(二)已办理户籍手续后遗失《出生医学证明》者，只补发《出生医学证明》正页。
补发《出生医学证明》只适用于1996年1月1日(边远贫困地区自1996年3月1日)以后出生的婴儿。
具体的补发程序由各地根据本地实际情况制定。
法律依据:
《出生医学证明管理办法》
第二十四条 遗失《出生医学证明》要求补发，应向县级以上卫生行政部门或委托管理机构。提出书面申请，并提交如下材料：
（一）原《出生医学证明》签发单位提供的新生儿出生医学记录及原《出生医学证明》编号的证明。
（二）父母双方户口簿及身份证。经核实情况属实给予补发，同时登记备案。未办理户籍手续前遗失《出生医学证明》的，补发《出生医学证明》正、副页；办理户籍手续后遗失的，只补发《出生医学证明》正页。具体补发程序由各地卫生行政部门根据本地实际情况制定。补发《出生医学证明》的相关资料由补发机构登记备案，永久保存。第二十五条 有下列情形之一的，《出生医学证明》视为无效：
（一）手写《出生医学证明》未用钢笔或碳素笔；
（二）《出生医学证明》被涂改，填写字迹不清或项目填写不清，有关项目填写不真实的；
（三）私自拆切《出生医学证明》副页；
（四）《出生医学证明》未加盖出生医学证明专用章；
（五）非法印制的《出生医学证明》；
（六）《出生医学证明》用机构公章、财务章等代替。