(一)本罪与非法搜查为手段的其他犯罪的界限
非法搜查罪一般是以目的行为不构成犯罪(如为了查找欠物)为前提的，如果行为人出于其他犯罪目的(如为了抢劫)而对他人人身或住宅进行搜查的，应以目的行为吸收非法搜查行为，按目的行为定罪，如定抢劫罪。
(二)本罪与非法侵入住宅罪的界限
两者常常具有一定的牵连关系。当行为人非法侵入他人住宅的目的是为了进行非法搜查时，一般以后一行为吸收前一行为，定非法搜查罪。但是，如果前一行为情节恶劣而后一行为情节一般，则以前一行为吸收后一行为，定非法侵入住宅罪。
(三)本罪与抢劫罪、盗窃罪、侮辱妇女罪界限
后面这些犯罪在客观方面亦可能采取非法搜查的行为，此时非法搜查仅是实施其犯罪的手段行为，如盗窃犯罪分子在侵入他人住宅后非法翻箱倒柜、盗走他人珍贵物品的，就包括了非法搜查的牵连行为，此时，如果构成他罪的，应择一重罪即后罪定罪量刑。倘若不构成他罪，如非法搜查后仅是盗取少量财物，但情节恶劣构成犯罪的，则可以以本罪论处，而把其他行为作为本罪的一个量刑情节予以考虑。
法律依据:
《最高人民法院关于贯彻执行中华人民共和国民法通则若干问题的意见》第一百四十七条规定
《中华人民共和国劳动法》第九十一条
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条