第一，主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。
第二，是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。
第三，定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。
法律依据:
《中华人民共和国合同法》第401条规定：“受托人应当按照委托人的要求，报告委托事务的处理情况。委托合同终止时，受托人应当报告委托事务的结果。”
第60条第2款规定：“当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。”
第399条规定：“受托人应当按照委托人的指示处理委托事务。需要变更委托人指示的，应当经委托人同意;因情况紧急，难以和委托人取得联系的，受托人应当妥善处理委托事务，但事后应当将该情况及时报告委托人。”
第六十九条 有下列情形之一的，委托代理终止：(一) 代理期间届满或者代理事务完成;(二) 被代理人取消委托或者代理人辞去委托;(三) 代理人死亡;(四) 代理人丧失民事行为能力;(五) 作为被代理人或者代理人的法人终止。
《中华人民共和国合同法》第四百零二条
《中华人民共和国合同法》第四百零三条
《中华人民共和国合同法》第四百二十一条