主要有以下五个不同：
1、提交诉状不同。
对于刑事申诉，申诉人应当向人民法院提交“刑事申诉状”。对于民事申请再审，应当提交“民事再审申请书”。若当事人提交的是“民事申诉状”，应向其释明让其更改为“民事再审申请书”。
2、申请主体不同。有权提起刑事申诉的主体有当事人及其法定代理人、近亲属以及案外人。有权提起民事再审申请的有当事人及案外人。
3、申请客体不同。根据《刑事诉讼法》第二百四十一条，刑事申诉的客体是发生法律效力的判决、裁定。根据《民事诉讼法》第一百九十九条及二百零一条的规定，民事申诉再审的客体是已经发生法律效力的判决、裁定，以及有证据证明调解违反自愿原则或调解协议内容违反法律的生效调解。
4、申请期限不同。《人民法院再审立案意见》第十条规定了刑事申诉一般在刑罚执行完毕两年内提出。根据民事诉讼法的规定，当事人申请再审，应该在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。
5、管辖法院不同。刑事申诉由终审人民法院审查处理。但二审法院裁定准许撤回上诉的案件，申诉人对一审判决提出申诉的，可由一审法院审查处理。当事人可以向上一级人民法院申请再审;对于当事人一方人数众多或当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。