医院是可以办理健康证的。一般是在当地的疾病控制中心(防疫站)办理，乡镇到医院,带上身份证,按规矩是上午空腹体检，主要查传染性病毒乙肝，内科,粪便,还有其它传染疾病:如皮肤病，结核等。体检合格后还要参加卫生知识培训，培训合格后就可以领取健康证。
法律依据:
《预防性健康检查管理办法》

第十四条 卫生监督机构根据健康检查结果，对预防性健康检查合格者签发健康合格证明。对不合格者提出处理意见并监督执行。原始材料同时交受检单位或规定的存档单位存档。

第十五条 卫生监督机构须按年度将管辖范围内的预防性健康检查情况统一汇总、分析并及时报送当地卫生行政部门和上级卫生监督机构。

第十六条 预防性健康检查的内容：
（一）对从事食品、饮用水生产经营人员、化妆品生产人员、公共场所直接为顾客服务人员，主要检查甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎、痢疾、伤寒、活动性肺结核和皮肤病等疾病。
（二）对有害作业人员和放射工作人员主要检查职业禁忌症、职业病及与职业有关的疾病。
（三）对在校学生主要检查生长发育、健康状况以及常见病、传染病和地方病。
（四）有关卫生法律、法规对预防性健康检查内容另有规定的按有关法律、法规规定进行。
（五）根据实际情况，确需增减的预防性健康检查的具体项目，须报请省、自治区、直辖市政府卫生行政部门批准后，方可进行。
《中华人民共和国国境卫生检疫法实施细则（修订）》第一百零二条
《中华人民共和国国境卫生检疫法》第十六条
《中华人民共和国食品安全法》第四十五条