刑事自诉案件能否进行调解应根据案件具体情况予以区别对待。
根据我国《刑事诉讼法》第二百零六条之规定，人民法院对自诉案件，可以进行调解;自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。本法第二百零四条第三项规定的案件不适用调解。
而《刑事诉讼法》第二百零四条规定的自诉案件包括：(一)告诉才处理的案件;(二)被害人有证据证明的轻微刑事案件;(三)被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
因此，对于告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件，当事人可以申请法院进行调解。而对于被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件则不适用调解。