对二人购买的经济适用住房应当按照市场评估价格进行分割。军队在住房制度改革时，出售的经济适用住房一般都比同地段的商品房便宜，这是国家在考虑到军人的实际购买能力，扣除了部分费用后做出的安排，是国家对军人的优待措施之一。
同时，根据军队的有关规定，一对夫妻只能购买一套经济适用住房。如果二人在离婚时按照购买时支付的金额进行分割，由保留房屋一方支付对方一半的经济补偿，这时，受偿的一方便不能以同等价格再次购买同类房屋，就要以市场价重新购买或租房居住，实际上等于间接剥夺了受偿一方享受军队房改优惠政策的权利。这样的分割方式很显然侵犯了受偿方的合法权益。如果按照市场价格进行分割，就能较好地体现婚姻法所确定的保护婚姻双方当事人合法权益的立法宗旨和原则。
无法就这套房屋的价值及归属达成协议时，应当按照最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释(二)》第二十条的规定进行处理。
法律依据:
根据《上海市共有产权保障住房管理办法》第二条第二款规定：“经济适用房实行政府与购房人按份共有产权”；第十六条规定：“购房人和政府的产权份额应当在购房合同、供后房屋使用管理协议中明确”。经济适用房区别于商品房最大的特点就是会在购房合同中约定回购和转让的限制。一般而言在取得房地产权证未满5年，购房人又购买其他住房或出现离婚析产等特殊情形，需退出共有产权保障住房的，必须由政府回购，回购价格为总房价款加同期银行存款利息。取得房地产权证满5年，需要转让该房屋的，政府有优先回购权，回购价格按照市场价格的原则确定；政府决定不回购的，购房人方可向他人转让该房屋，当然转让款按照其产权份额获得。离婚时对经济适用房的分割需要注意以下几点：

第一、经济适用房的产权人除了离婚当事人外，还有除政府以外的其他人的（比如将孩子或父母的名字也加在房产证上），法院在离婚诉讼中是不会处理的，当事人可以在离婚后就房产分割问题另行起诉。

第二、房地产权证未满5年，因离婚析产等原因确需退出共有产权保障住房的，必须由政府回购，回购价格为总房价款加同期银行存款利息。