1、计税：
零税率：零税率是在计算缴纳增值税时，销项税额按照0%的税率计算，进项税额允许抵扣。
免税：增值税中的免税只是免去某一生产、流通环节的税款，其他各环节税款则不能免除，且进项税额不允许抵扣。
2、核算：
零税率：实行零税率的其进项税额允许抵扣，涉及进项税额的退还。同时，销售零税率的货物，其销售额计入全部销售额，销项税额为0。因此，零税率货物进项税额需要进行核算，销项税额不需要进行核算。
免税：进项税额不允许抵扣，会计核算中进项税额直接计入货物的成本。销售免税货物，只能开具普通发票，其收入计入销售收入，不计算销项税额。因此，免税货物的进项税额与销项税额都不需进行核算。
3、管理：
零税率：零税率是增值税的一档税率，只要符合文件规定，就可以适用零税率，无须税务机关审批或备案。
免税：免征增值税属于税收优惠，要按照税收优惠管理的相关要求，或先经税务机关审批，或报送税务机关备案。
法律依据:
《适用增值税零税率应税服务退（免）税管理办法》
第三条 增值税零税率应税服务适用范围按财政部、国家税务总局的规定执行，起点或终点在境外的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于国际运输服务，起点或终点在港澳台的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于港澳台运输服务。
　　
第四条 增值税零税率应税服务退（免）税办法包括免抵退税办法和免退税办法，具体办法及计算公式按《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）有关出口货物劳务退（免）税的规定执行