机动车违章扣分不一定扣车主的。若违章时是车主本人驾驶车辆，则扣车主的分。若是他人驾驶车辆违章，比如车主将车借给有驾驶证的朋友，朋友违章，那么扣分扣的是实际驾驶人的分。但在一些情况下，车主可能要承担相应责任，如明知驾驶人无驾驶证、驾驶证被吊销等仍出借车辆，车主可能会因管理不善面临罚款等处罚。还有一种情况，电子眼抓拍的违章，在能确定驾驶人的情况下扣驾驶人分；不能确定时，若车主有证据证明违章时不是自己开车，可不承担扣分。总之，谁开车违章一般就扣谁的分，但车主可能因车辆管理等问题承担相关责任。
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