法人股东注销后，其持有的股权处理方式如下：1. 若公司章程有规定，按章程执行。章程可能对股东资格丧失后股权归属作出安排。2. 由股东的合法继承人继承。依据《公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。法人股东注销后，其股权可参照此规定，由其合法继承人继承。3. 经其他股东同意，转让给其他股东。若全体股东就该股权的受让事宜达成一致，可进行内部转让，以维持公司股权结构稳定。 总之，法人股东注销后，股权的处理需综合考虑公司章程规定、股东意愿及法定继承等因素，以妥善确定股权归属及后续安排。
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