起诉离婚时，法院判决两个孩子抚养权归属，会综合多方面因素。首先，会考虑孩子的年龄和意愿。若孩子已达一定年龄且能表达自己意愿，法院会予以重视。其次，父母双方的抚养能力和条件很关键。包括经济状况、居住环境、教育背景等，能为孩子提供更好成长条件的一方更有优势。再者，孩子的生活环境稳定性也不容忽视。长期生活在熟悉环境中对孩子成长有利。另外，父母双方的品德、健康状况等也会影响判决。一般情况下，可能会判一方抚养一个孩子，以保障孩子成长环境的相对稳定。但具体判决需根据案件实际情况，由法院依据法律和事实作出最有利于孩子成长的决定。
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