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土地承包经营权的确权部门因情况而异。在农村，通常由县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门负责指导和管理土地承包经营及相关确权工作。具体而言，发包方将农村土地发包给本集体经济组织成员时，该成员依法获得土地承包经营权。承包合同生效后，发包方应向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。这些证书是土地承包经营权的重要凭证，具有法律效力。此外，在土地承包经营权发生争议时，如承包面积、边界等纠纷，可能会涉及到相关部门进行调查、核实和确权。不同地区可能会根据实际情况，由农业农村部门牵头，会同自然资源、林业等相关部门共同处理，以确保土地承包经营权准确、清晰地确定，维护当事人的合法权益。
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