检察院二次退查案件后的处理方式如下:1. 补充侦查:公安机关应在一个月内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。若补充侦查后,公安机关认为案件事实已查清、证据确实充分,可再次移送检察院审查起诉。2. 审查起诉:检察院会对补充侦查后的案件重新审查。若认为证据仍不符合起诉条件,可作出不起诉决定。3. 不起诉决定:法定不起诉:犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,检察院应当作出不起诉决定。酌定不起诉:对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,检察院可以作出不起诉决定。证据不足不起诉:对于二次补充侦查的案件,检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。4. 申诉救济:若被不起诉人对不起诉决定不服,可在收到决定书后七日内向检察院申诉。被害人若对不起诉决定不服,可向上一级检察院申诉,也可不经申诉直接向法院起诉。
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