公司可以起诉控股股东。
公司在本质上是股东的公司，股东的意志实际上就是公司的意志，股东会是公司的最高权力机构，股东会的决议最终反映为公司的意志，对内股东会的决议对公司、股东都有约束力，对外由公司机关表示依据股东会决议或者董事会决议表示公司的意思。股东之间达成的协议所涉及公司的部分无异是股东会的决议，反映了公司的意思，对公司、股东都有约束力。因此，如果股东间的协议与公司有关，公司自然就是该协议的一方当事人，享有合同上的权利和义务，并因此而享有请求权，从而也就拥有了诉权。
《公司法》第152条规定：董事、高级管理人员有本法第一百五十条规定的情形的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百五十二条
董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。