二者对行为的限制条件不同。紧急避险要求行为人必须是在不得已的情况下作为排除危险的惟一方法时才能实施;而正当防卫则无这样的要求，即使在当时的情况下能够用其他方法来避免损害，也可以实施正当防卫，正当防卫的起因条件是他人的不法侵害，而紧急避险的起因条件是一种危险，包括自然损害等非人为的损害。
二者对损害程度的限度不同。正当防卫所造成的损害，允许等于或者大于不法侵害行为所可能造成的损害;而紧急避险所损害的合法权益必须小于所保护的合法权益，正当防卫所造成的损害可以大于或等于所要保护的权益，而紧急避险所造成的损害不能等于更不能大于所要保护的利益。
正当防卫要求打击的对象只能是不法侵害者本人，而紧急避险则可以是无辜的第三者，二者损害的对象是有原则的区别的。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二十条
【正当防卫】为了使国家、公共利益、本人或者他人的人身、财产和其他权利免受正在进行的不法侵害，而采取的制止不法侵害的行为，对不法侵害人造成损害的，属于正当防卫，不负刑事责任。
正当防卫明显超过必要限度造成重大损害的，应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚。
对正在进行行凶、杀人、抢劫、强奸、绑架以及其他严重危及人身安全的暴力犯罪，采取防卫行为，造成不法侵害人伤亡的，不属于防卫过当，不负刑事责任。
《中华人民共和国刑法》第二十一条
【紧急避险】为了使国家、公共利益、本人或者他人的人身、财产和其他权利免受正在发生的危险，不得已采取的紧急避险行为，造成损害的，不负刑事责任。
紧急避险超过必要限度造成不应有的损害的，应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚。
第一款中关于避免本人危险的规定，不适用于职务上、业务上负有特定责任的人。