公司注销分公司，一种是总公司注销，分公司也随着需要注销，一种是由总公司决定注销分公司的决定而进行的注销，两种注销都需要办理正规的注销流程。
第一、持分公司营业执照副本，到工商登记窗口按规定进行注销登记的相关事项详细资讯，领取分公司注销登记申请书并且根据规定填写共同委托代理人或指定代表的证明。
第二、准备好办理注销登记的材料。因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署准备出具相关材料。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。
第三、材料准备完成后，向工商登记机关提交整套材料，在提交材料合法、齐全、有效的前提下，注销登记2个工作日内完成。注销登记不收取任何费用。
第四、分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司需要带着《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。