合同履行发生困难时，可以从以下几个方面着手处理：
首先，如果合同履行发生困难、受到挫折或有意外情况使合同履行受到影响，这时要做的就是要对合同的签定和前期履行情况做一个书面总结，反映出当时整个过程的主要事实，并及时与对方沟通，请对方及时回应并报告其准备采取的应急措施和立场。
如果对方不予理睬，及时用特快专递或挂号信的方式，将书面商请函寄给对方，申明自己对于合同履行所持的态度和解决方案，敦促对方及时采取措施进行补救，并讲明利害关系。
对于性质比较重大的合同，如果合同履行出现问题，对双方影响较大的，应慎重行事，最好请律师起草一份律师函给对方，以引起对方的高度重视，为以后的讼争打下基础。
其次，要及时采取紧急措施，进行合同自救和合同补救。
最后，如果发现合同在法律效力上存在疑问的，应及时催告对方采取措施进行补救或运用法律赋予的撤消权将合同撤消。

法律依据：
《中华人民共和国合同法》第六十条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。