股东不同意股东会决议，在表决的时候可以投反对票，决议的结果仍然以最后的投票情况决定。表决权是股东的权利，我们无权剥夺，但是如果最终的投票结果通过了，那么决议内容合理合法且不涉及到他人的，直接由公司董事长、经理或者法定代表人去办理相关事宜即可;如果涉及到他人、个人而他又不执行该决议，那么看股东协议书和公司章程是否有约定，有约定可以让他承担违约责任，没有约定则不能强制他同意并且执行。根据《公司法》的相关规定，股份有限公司股东会作出决议，普通事项只需要出席会议股东二分之一以上表决权通过即可，重大事项则需要出席会议的三分之二以上表决权通过。而有限责任公司参照股份有限公司的表决制度。所以一般情况下，根据法律、公司章程处理即可，个别股东的意见不会阻碍公司股东会的决议;当然特殊情况只有具体问题具体分析了。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
《中华人民共和国公司法》第一百零三条
股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。
股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。