1、在协议离婚中，婚前协议约定子女抚养权不能违反法律原则，对于孩子的抚养权问题的约定，在离婚时才能确定是否有效。如按照《婚姻法》第三十六条规定，离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
在诉讼离婚中，一般会按照离婚时双方的意愿及情况，以子女的最大利益和成长需要为先，确定抚养权的归属。
2、婚前协议属于特殊性质的合同，按照《合同法》第五十六条的相关规定，合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。所以如果关于约定子女抚养权的条款因违反法律的规定或者不利于子女的成长而无效，不影响婚前协议其他部分的效力。
法律依据：
《婚姻法》第三十六条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
《合同法》第五十六条
合同自始无效与部分有效
无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。