委托合同，又称“委任合同”。是指受托人以委托人的名义和费用为委托人办理委托事务，而委托人则按约支付报酬的合同。
合作合同是指双方或多方签署以进行投资活动而不另成立法人的文件。合作双方的约定只能在法律允许的范围内，不能约定属于禁止投资的领域或行业；不能约定名为合作企业合同实为借款合同；不能约定逃避税收；不能约定违反外汇管理方面的规定，否则可能导致所签合同内容违法而无效。合资、合作合同是一种特殊性质的合同，通常涉及到双方重大经济利益，必须依法经政府主管部门批准才能生效。
二者区别在于：委托合同是甲方证明乙方有权代替甲方行使甲方的某些权利的合法性合同。合作合同是甲乙双方利益、权利、责任等等的关系证明性合同。
委托合同有授权性质，合作合同是平等性质。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第三百九十六条　委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。
第三百九十七条 委托人可以特别委托受托人处理一项或者数项事务，也可以概括委托受托人处理一切事务。