根据《医疗事故处理条例》规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。也就是说，医疗事故死亡的，可以通过协商进行赔偿，也可以通过调解进行赔偿，若都不能达成，还可以通过民事诉讼解决。
医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
(一)医疗事故等级；
(二)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
(三)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
法律依据：
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。