如果所在公司进行了非法经营活动，那么在对相关员工进行处罚时，就会看这个员工在这个非法经营活动中所起的作用的大小。
如果在非法经营活动中起到了次要的作用或者辅助作用，则将会以其是从犯而进行处罚，但是会从轻、减轻甚至于免除处罚，而且要看所在单位的非法经营的种类、数额和次数进行进一步的确定。具体会不会判刑，得看最后的法院判决。
员工如果不知情，无论行政处罚或者刑事责任当然都是不需要承担的。建议员工收集一些证明自己不知情的相关证据。
非法经营罪对于我国的法律来说是坚持不允许的，而且非法经营也扰乱了社会的治安，如果出现了此情况那么就一定会按照非法经营罪的条款来进行处罚，所以，一定要合法的经营，不属于自己的东西千万不要去碰，不然法律是不会放过任何一个犯罪人员的。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条
违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的;
(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。