职务侵占案属于刑事案件，和其它刑事案件立案程序是一样的。
首先公安机关需要对相关的立案文件，就包括公民的报案、个人或单位的控告、举报和自首材料文件进行整理，侦查结束之后，就需要一并移交到当地相关的人民检察院进行审查，相关的部门对立案文件进行整理和分类等。
其次，相关部门必须要公正客观并且认真的对相关的立案材料进行审查，并对相关的立案材料进行核对调查，检查相关立案材料是否齐全、相关的证据材料的真实性以及相关证据材料的时效性等。
最后，相关部门在进行审查通过后开始对立案材料进行评估，根据立案材料针对不同的情况决定立案是否通过，如果立案通过，人民法院将会对公安机关、人民检察院提供的材料内容根据相关法律进行评估，对职务侵占的当事人进行审判量刑。
人民检察院对于未构成犯罪，决定不予立案，但需要追究党纪、政纪责任的被举报人应当移送有关主管机关处理。
法律依据：
《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百六十二条
公安机关受理案件后，经过审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，由接受单位制作《刑事案件立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案。
认为没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，接受单位应当制作《呈请不予立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。