黑社会性质组织犯罪是威胁和危害正常社会秩序的主要因素之一。黑社会性质组织的萌生滋长，其违法犯罪活动的猖獗嚣张，在很大程度上是与某些国家机关人员对他们的恣意包庇和任意放纵分不开的。那么，包庇、纵容黑社会性质组织罪该如何认定呢？
首先是罪与非罪的认定。包庇、纵容黑社会性质组织罪是行为犯，行为人实施完毕包庇、纵容黑社会性质组织行为的，原则上构成本罪且为既遂。但是，根据案件具体情况，如果包庇、纵容行为情节显著轻微、危害不大的，如行为人指使他人作伪证，他人未作伪证而未遂，且能自首或立功的；帮助黑社会性质组织一般成员逃匿后即行帮助抓获归案，认真悔改的，等等，可不以犯罪论处。
其次，便是此罪与彼罪的认定，此罪与玩忽职守罪最大的区别在于行为人主观方面，此罪的主观为故意，而玩忽职守罪主观为过失。
本罪与滥用职权罪的认定，国家机关工作人员利用职务之便采用各种方法包庇黑社会性质组织的，无疑是滥用职权，如果因此造成国家和人民利益遭受损失的，又触犯滥用职权罪，属想象竞合，应当择一重罪定罪处罚。
本罪与窝藏、包庇罪的认定。二者的区别主要是犯罪主体不同。本罪的主体为特殊主体，只有国家机关工作人员才能构成本罪；后罪的主体则侧为一般主体，年满16周岁具有刑事责任能力的人，不论是否为国家机关工作人员，都可构成其罪。
以上便是包庇纵容黑社会性质组织罪的认定。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百九十四条