1、涉及公司内部关系的纠纷：公司利益分配纠纷，股东权利行使的纠纷、出资瑕疵对内承担责任的纠纷
2、涉及公司外部责任承担的纠纷：股权转让的纠纷，出资瑕疵对外承担责任的纠纷等等
对于隐名股东的股东主体资格认定问题，需要考虑以下几点问题：
1、在股东出资不足、瑕疵的情况下，公司债权人是否知道隐名股东的存在。如果明知隐名股东对公司出资情况并实际控制公司股份的，可以要求隐名股东和显名股东承担连带责任。
2、公司隐名股东与显名资格确认的纠纷中，隐名股东可以依据协议等实质证据直接对抗显名股东。可以不改变股东名册而直接确认其股东资格。
完毕
法律依据：
《<公司法>司法解释三》第二十三条规定：当事人依法履行出资义务或者依法继受取得股权后，公司未根据公司法第三十一条、第三十二条的规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记，当事人请求公司履行上述义务的，人民法院应予支持。
第二十四条规定：有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。