1、两者的构成要件不同。事实婚姻要求男女双方必须以夫妻名义共同生活，为周围群众所熟知，双方结合符合法定的婚姻实质要件，与结婚登记不同的是仅在于缺乏形式要件。而非法同居并没有一定要以夫妻的名义生活。
2、两者的法律后果不同。一旦被认定为事实婚姻的，具体处理时视同具有法律效力的婚姻，与合法登记缔结的婚姻同等对待。同居关系不受法律保护，同居期间男女双方的财产亦不能视为夫妻共同财产予以分割，同居关系依法应予以解除。
3、两者的财产关系不同。事实婚姻，男女双方共同生活期间所得财产视为夫妻共同财产。同居期间所得财产，除非有相关证据证明，否则，各自名下财产归各自所有。
4、两者的身份关系不同。事实婚姻，男女双方视同夫妻关系，所生子女视为婚生子女。同居的男女双方为非法的，双方不具有夫妻的身份关系，所生子女为非婚生子女。
要指出的是，在孩子的权利和抚养问题上，两者是没什么区别的，即婚生子与非婚生子在法律地位上完全平等。
法律依据：
《最高人民法院关于适用中华人民共和国婚姻法若干问题的解释(一)》第五条规定:“未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，超诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记;未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。”