控股股东能对公司运作施加重大影响，根据《上市公司治理准则》规定，控股股东的权利主要为：
(1)控股股东对股份有限公司改制重组时应当确保分离社会职能、剥离其非经营性资产，非经营性机构和福利性机构及设施不得进入股份有限公司。
(2)控股股东对股份有限公司与其他股东负有诚信义务。控股股东对其所控股股份有限公司应严格依法行使出资人的权利，控股股东不得损害股份有限公司与其他股东的合法权益，不得利用其特殊地位谋取额外利益。
(3)控股股东对股份有限公司董事和监事候选人提名，应当严格遵循法律和法规与公司章程规定的条件和程序。
(4)控股股东不得对股东大会人事选举决议及董事会人事聘任决议履行任何批准手续;不得越过股东大会与董事会任免股份有限公司的高级管理人员。
(5)股份有限公司的重大决策应由股东大会与董事会依法作出。控股股东不得直接或间接干预公司决策及依法开展的生产经营活动，损害公司与其他股东的权益。
(6)控股股东和股份有限公司应实行人员与资产、财务、机构和业务分开、各自独立核算、独立承担责任和风险。
法律依据：
《上市公司治理准则》第十五条
控股股东对拟上市公司改制重组时应遵循先改制、后上市的原则，并注重建立合理制衡的股权结构。
《上市公司治理准则》第十六条
控股股东对拟上市公司改制重组时应分离其社会职能，剥离非经营性资产，非经营性机构、福利性机构及其设施不得进入上市公司。